Фаринготомията включва дисекция на една или няколко гънки на лигавицата на орофаринкса, разположени предимно в предната му част (епиглотис), последвано от тяхното възстановяване, но в някои случаи ходът на манипулацията зависи от конкретни клинични показания. По време на фаринготомията често се отстранява съдържанието на кисти и грануломи на ларинкса и гласовия апарат.