Ваготомията е хирургична процедура, при която автономният нерв, захранващ вътрешните органи, се отрязва или разделя и изрязва. У нас тези операции се правят предимно при язвена болест, хроничен панкреатит или рак на дванадесетопръстника. Най-често ваготомията се извършва с ваготомия (проксимална, медиална или странична).
Ваготомията спомага за намаляване на секрецията, разширява кръвоносните съдове, ускорява изпразването на стомаха и подобрява изтичането на жлъчката. След такава операция функцията, мотилитетът и инервацията на стомаха се запазват. Това не води до гладуване и човекът може да яде всякаква храна.