Vagotomiat ovat kirurgisia toimenpiteitä, joissa sisäelimiä syöttävä autonominen hermo leikataan tai jaetaan ja leikataan pois. Maassamme näitä leikkauksia tehdään pääasiassa mahahaavan, kroonisen haimatulehduksen tai pohjukaissuolen syövän vuoksi. Useimmiten vagotomia suoritetaan vagotomialla (proksimaalisella, mediaalisella tai lateraalisella).
Vagotomiat auttavat vähentämään eritystä, laajentamaan verisuonia, nopeuttamaan mahalaukun tyhjenemistä ja parantamaan sapen ulosvirtausta. Tällaisen leikkauksen jälkeen mahalaukun toiminta, liikkuvuus ja hermotus säilyvät. Tämä ei johda paastoon, ja henkilö voi syödä mitä tahansa ruokaa.