Vagotomier er kirurgiske procedurer, hvor den autonome nerve, der forsyner indre organer, skæres eller opdeles og skæres ud. I vores land udføres disse operationer hovedsageligt for mavesår, kronisk pancreatitis eller duodenal cancer. Oftest udføres vagotomi med vagotomi (proksimal, medial eller lateral).
Vagotomier hjælper med at reducere sekretion, udvide blodkar, fremskynde mavetømning og forbedre udstrømningen af galde. Efter en sådan operation bevares mavens funktion, motilitet og innervation. Dette fører ikke til faste, og personen kan spise enhver mad.