Οι βαγοτομές είναι χειρουργικές επεμβάσεις κατά τις οποίες το αυτόνομο νεύρο που τροφοδοτεί τα εσωτερικά όργανα κόβεται ή διαιρείται και αφαιρείται. Στη χώρα μας οι επεμβάσεις αυτές γίνονται κυρίως για πεπτικά έλκη, χρόνια παγκρεατίτιδα ή καρκίνο του δωδεκαδακτύλου. Τις περισσότερες φορές, η βαγοτομή γίνεται με βαγοτομή (εγγύς, έσω ή πλάγια).
Οι βαγοτομές βοηθούν στη μείωση της έκκρισης, στη διαστολή των αιμοφόρων αγγείων, στην επιτάχυνση της γαστρικής κένωσης και στη βελτίωση της εκροής της χολής. Μετά από μια τέτοια επέμβαση διατηρείται η λειτουργία, η κινητικότητα και η νεύρωση του στομάχου. Αυτό δεν οδηγεί σε νηστεία, και το άτομο μπορεί να φάει οποιοδήποτε φαγητό.