Vagotomier er kirurgiske prosedyrer der den autonome nerven som forsyner indre organer kuttes eller deles og fjernes. I vårt land utføres disse operasjonene hovedsakelig for magesår, kronisk pankreatitt eller kreft i tolvfingertarmen. Oftest utføres vagotomi med vagotomi (proksimal, medial eller lateral).
Vagotomier bidrar til å redusere sekresjon, utvide blodårene, akselerere magetømming og forbedre utstrømningen av galle. Etter en slik operasjon bevares magens funksjon, motilitet og innervering. Dette fører ikke til faste, og personen kan spise hvilken som helst mat.