A teoria da seleção clonal, também conhecida como teoria de Burnet, é uma teoria da imunidade proposta pelo imunologista australiano Frank Macfarlane Burnet em 1959.
De acordo com esta teoria, o sistema imunitário consiste em muitos linfócitos, cada um dos quais transporta um receptor único de reconhecimento de antigénio na sua superfície. Esses receptores são gerados aleatoriamente através de mutações somáticas nos genes que codificam os componentes do receptor.
Quando um linfócito colide com um antígeno estranho, ocorre proliferação e diferenciação clonal daquelas poucas células cujos receptores se ligam especificamente a esse antígeno. Este processo é chamado de seleção clonal. Assim, o sistema imunológico seleciona os poucos linfócitos que conseguem reconhecer um determinado antígeno e os multiplica para combater a infecção.
A teoria da seleção clonal explicou o mecanismo de especificidade da resposta imune e avançou significativamente na compreensão do funcionamento do sistema imunológico. Continua sendo um conceito fundamental em imunologia.