Teorie klonální selekce, známá také jako Burnetova teorie, je teorie imunity navržená australským imunologem Frankem Macfarlane Burnetem v roce 1959.
Podle této teorie se imunitní systém skládá z mnoha lymfocytů, z nichž každý nese na svém povrchu jedinečný receptor pro rozpoznávání antigenu. Tyto receptory jsou generovány náhodně prostřednictvím somatických mutací v genech kódujících složky receptoru.
Když se lymfocyt srazí s cizím antigenem, dochází ke klonální proliferaci a diferenciaci těch několika buněk, jejichž receptory se specificky vážou na tento antigen. Tento proces se nazývá klonální selekce. Imunitní systém tedy vybere několik lymfocytů, které dokážou rozpoznat konkrétní antigen, a rozmnoží je, aby bojovaly s infekcí.
Teorie klonální selekce vysvětlila mechanismus specifičnosti imunitní odpovědi a významně pokročila v chápání fungování imunitního systému. Zůstává základním pojmem v imunologii.