Теорията за клонална селекция, известна още като теория на Бърнет, е теория за имунитета, предложена от австралийския имунолог Франк Макфарлейн Бърнет през 1959 г.
Според тази теория имунната система се състои от множество лимфоцити, всеки от които носи на повърхността си уникален рецептор за разпознаване на антиген. Тези рецептори се генерират на случаен принцип чрез соматични мутации в гените, кодиращи рецепторните компоненти.
Когато лимфоцит се сблъска с чужд антиген, настъпва клонова пролиферация и диференциация на онези няколко клетки, чиито рецептори се свързват специфично с този антиген. Този процес се нарича клонова селекция. Така имунната система избира малкото лимфоцити, които могат да разпознаят определен антиген и ги умножава, за да се бори с инфекцията.
Теорията за клоналната селекция обяснява механизма на специфичност на имунния отговор и значително напредва в разбирането за функционирането на имунната система. Той остава фундаментална концепция в имунологията.