Klonaalinen valintateoria, joka tunnetaan myös nimellä Burnetin teoria, on australialaisen immunologin Frank Macfarlane Burnetin vuonna 1959 ehdottama immuniteettiteoria.
Tämän teorian mukaan immuunijärjestelmä koostuu monista lymfosyyteistä, joista jokaisen pinnalla on ainutlaatuinen antigeenintunnistusreseptori. Nämä reseptorit syntyvät satunnaisesti somaattisten mutaatioiden kautta reseptorikomponentteja koodaavissa geeneissä.
Kun lymfosyytti törmää vieraan antigeeniin, tapahtuu kloonista lisääntymistä ja erilaistumista niissä harvoissa soluissa, joiden reseptorit sitoutuvat spesifisesti tähän antigeeniin. Tätä prosessia kutsutaan klonaaliseksi valinnaksi. Siten immuunijärjestelmä valitsee ne harvat lymfosyytit, jotka voivat tunnistaa tietyn antigeenin, ja moninkertaistaa ne taistellakseen infektiota vastaan.
Klonaalinen valintateoria selitti immuunivasteen spesifisyyden mekanismin ja edisti merkittävästi ymmärrystä immuunijärjestelmän toiminnasta. Se on edelleen immunologian peruskäsite.