Klonal selektionsteori, även känd som Burnets teori, är en teori om immunitet som föreslogs av den australiensiska immunologen Frank Macfarlane Burnet 1959.
Enligt denna teori består immunsystemet av många lymfocyter, som var och en bär en unik antigenigenkänningsreceptor på sin yta. Dessa receptorer genereras slumpmässigt genom somatiska mutationer i generna som kodar för receptorkomponenterna.
När en lymfocyt kolliderar med ett främmande antigen sker klonal proliferation och differentiering av de få celler vars receptorer specifikt binder till detta antigen. Denna process kallas klonal selektion. Således väljer immunsystemet ut de få lymfocyter som kan känna igen ett visst antigen och multiplicerar dem för att bekämpa infektionen.
Klonal selektionsteori förklarade mekanismen för specificitet av immunsvaret och avsevärt avancerade förståelsen av immunsystemets funktion. Det är fortfarande ett grundläggande koncept inom immunologi.