A klonális szelekciós elmélet, más néven Burnet elmélet, az immunitás elmélete, amelyet Frank Macfarlane Burnet ausztrál immunológus javasolt 1959-ben.
Ezen elmélet szerint az immunrendszer sok limfocitából áll, amelyek mindegyike egyedi antigénfelismerő receptort hordoz a felszínén. Ezek a receptorok véletlenszerűen jönnek létre a receptorkomponenseket kódoló gének szomatikus mutációi révén.
Amikor egy limfocita idegen antigénnel ütközik, klonális proliferáció és differenciálódás következik be azon néhány sejtben, amelyek receptorai specifikusan kötődnek ehhez az antigénhez. Ezt a folyamatot klonális szelekciónak nevezik. Így az immunrendszer kiválasztja azt a néhány limfocitát, amely képes felismerni egy adott antigént, és megsokszorozza őket, hogy leküzdje a fertőzést.
A klonális szelekció elmélete megmagyarázta az immunválasz specifitásának mechanizmusát, és jelentősen elősegítette az immunrendszer működésének megértését. Továbbra is alapvető fogalom az immunológiában.