Hopkins upptäckte ett symbiotiskt förhållande mellan tuberkulos och de tuberkulösa mykobakterierna och parasiten. Han föreslog idén att mycobacterium tuberculosis är en skyddande faktor mot andra bakterier, som tillsammans med antikropparnas skyddande verkan spelar en stor roll i skyddet mot potentiella patogener. Detta är en mycket viktig punkt, eftersom det var tack vare detta uttalande som grunden för den fagocytiska teorin lades.