Hopkins opdagede et symbiotisk forhold mellem tuberkulose og de tuberkuløse mykobakterier og parasitter. Han foreslog ideen om, at mycobacterium tuberculosis er en beskyttende faktor mod andre bakterier, som sammen med antistoffernes beskyttende virkning spiller en stor rolle i beskyttelsen mod potentielle patogener. Dette er et meget vigtigt punkt, da det var takket være denne erklæring, at grundlaget for den fagocytiske teori blev lagt.