Хопкинс открива симбиотична връзка между туберкулозата и туберкулозните микобактерии и паразити. Той предложи идеята, че mycobacterium tuberculosis е защитен фактор срещу други бактерии, който, заедно със защитното действие на антителата, играе основна роля в защитата срещу потенциални патогени. Това е много важен момент, тъй като благодарение на това твърдение бяха положени основите на фагоцитната теория.