Pappenheim-färgning är en färgningsteknik som används i mikroskopi för att identifiera mikroorganismer i prover. Den utvecklades 1928 av den tyske forskaren Otto Pappenheim och uppkallades efter honom.
Pappenheim-färgning sker genom att man applicerar ett färgämne på provet som binder till cellväggen hos mikroorganismer. Provet behandlas sedan med en syra, som förstör cellerna och lämnar bara de färgade proteinerna kvar. Provet tvättas sedan och torkas och de färgade mikroorganismerna kan ses.
Denna metod används för att upptäcka olika mikroorganismer inklusive bakterier, svampar och virus. Det är en av de vanligaste färgningsmetoderna som används inom mikrobiologi och medicin.