Pappenheim boyanması nümunələrdə mikroorqanizmləri müəyyən etmək üçün mikroskopiyada istifadə edilən bir rəngləmə üsuludur. 1928-ci ildə alman alimi Otto Pappenheim tərəfindən işlənib hazırlanmış və onun adını daşıyır.
Pappenheim boyanması mikroorqanizmlərin hüceyrə divarına bağlanan nümunəyə boya tətbiq etməklə baş verir. Nümunə daha sonra hüceyrələri məhv edən, yalnız rəngli zülalları buraxan bir turşu ilə müalicə olunur. Sonra nümunə yuyulur və qurudulur və rəngli mikroorqanizmlər görünə bilər.
Bu üsul bakteriya, göbələk və viruslar da daxil olmaqla müxtəlif mikroorqanizmləri aşkar etmək üçün istifadə olunur. Mikrobiologiya və tibbdə istifadə edilən ən çox yayılmış boyama üsullarından biridir.