Pappenheimkleuring is een kleurtechniek die bij microscopie wordt gebruikt om micro-organismen in monsters te identificeren. Het werd in 1928 ontwikkeld door de Duitse wetenschapper Otto Pappenheim en naar hem vernoemd.
Pappenheim-kleuring vindt plaats door een kleurstof op het monster aan te brengen die zich aan de celwand van micro-organismen bindt. Het monster wordt vervolgens behandeld met een zuur, dat de cellen vernietigt en alleen de gekleurde eiwitten achterlaat. Het monster wordt vervolgens gewassen en gedroogd en de gekleurde micro-organismen kunnen worden gezien.
Deze methode wordt gebruikt om verschillende micro-organismen, waaronder bacteriën, schimmels en virussen, te detecteren. Het is een van de meest voorkomende kleuringsmethoden die worden gebruikt in de microbiologie en geneeskunde.