Porcja fajki wodnej równa się stu wypalonym papierosom: podają to brytyjscy naukowcy. Ponadto palenie fajki wodnej jest znacznie bardziej szkodliwe, ponieważ proces ten trwa wielokrotnie dłużej niż palenie papierosów, jest znacznie bardziej intensywny i stwarza duże ryzyko rozwoju różnych chorób.
Kardiolodzy na całym świecie biją na alarm, ponieważ pomimo tego, że fajka wodna zawiera mniej szkodliwego berylu, chromu i kobaltu, jej dym zawiera dużo metali ciężkich. Powodują wzrost poziomu tlenku węgla we krwi, co prowadzi do uszkodzenia komórek mózgowych i utraty przytomności.
Palenie fajki wodnej wraz z papierosami powoduje choroby serca i układu oddechowego, raka płuc, problemy w czasie ciąży, zmniejszoną aktywność mózgu i chorobę Alzheimera.