Protozoa seperti amuba tidak memiliki sistem pencernaan karena tubuhnya hanya terdiri dari satu sel. Nutrisi diserap ke seluruh permukaan sel. Amuba menangkap partikel makanan, membentuk vakuola makanan di sekitarnya. Di dalam vakuola inilah makanan dicerna dengan bantuan enzim.
Hydra juga tidak memiliki organ pencernaan yang berbeda. Tubuhnya terdiri dari dua lapisan sel - ektoderm dan endoderm. Pencernaan dilakukan oleh sel endoderm. Makanan masuk melalui mulut ke rongga internal, tempat ia dicerna.
Planaria memiliki sistem pencernaan primitif yang terdiri dari mulut, faring, dan lambung bercabang. Namun, tidak ada anus. Pencernaan terjadi baik di dalam sel maupun di rongga perut.
Cacing tanah sudah mempunyai sistem pencernaan yang lengkap dengan adanya mulut dan anus. Ini termasuk faring, kerongkongan, lambung, dan usus. Pencernaan sebagian besar bersifat ekstraseluler.
Pada vertebrata, sistem pencernaan menjadi jauh lebih kompleks, dengan penambahan organ baru seperti hati dan pankreas. Namun prinsip strukturnya tetap sama dari ikan hingga manusia. Kimia pencernaan dan enzim juga sangat mirip antara hewan pada tingkat organisasi yang berbeda.
Jadi, dalam proses evolusi, sistem pencernaan secara bertahap menjadi lebih kompleks dari hewan yang paling sederhana hingga hewan yang lebih tinggi, memperoleh diferensiasi organ yang semakin meningkat dan efisiensi proses pencernaan dan asimilasi makanan.