Τα πρωτόζωα, όπως η αμοιβάδα, δεν έχουν πεπτικό σύστημα επειδή το σώμα τους αποτελείται από ένα μόνο κύτταρο. Τα θρεπτικά συστατικά απορροφώνται σε ολόκληρη την επιφάνεια του κυττάρου. Η αμοιβάδα συλλαμβάνει τα σωματίδια τροφής, σχηματίζοντας κενοτόπια τροφής γύρω τους. Σε αυτά τα κενοτόπια πέπτονται τα τρόφιμα με τη βοήθεια ενζύμων.
Η Ύδρα επίσης δεν έχει διαφοροποιημένα πεπτικά όργανα. Το σώμα του αποτελείται από δύο στρώματα κυττάρων - το εξώδερμα και το ενδόδερμα. Η πέψη πραγματοποιείται από τα ενδοδερμικά κύτταρα. Η τροφή εισέρχεται από το στόμα στην εσωτερική κοιλότητα, όπου χωνεύεται.
Τα πλανάρια έχουν ένα πρωτόγονο πεπτικό σύστημα που αποτελείται από στόμα, φάρυγγα και διακλαδισμένο στομάχι. Ωστόσο, δεν υπάρχει πρωκτός. Η πέψη γίνεται τόσο μέσα στα κύτταρα όσο και στην κοιλότητα του στομάχου.
Ο γαιοσκώληκας έχει ήδη ένα πλήρες πεπτικό σύστημα με στόμα και πρωκτό. Περιλαμβάνει τον φάρυγγα, τον οισοφάγο, το στομάχι και τα έντερα. Η πέψη είναι κυρίως εξωκυτταρική.
Στα σπονδυλωτά, το πεπτικό σύστημα έγινε σημαντικά πιο περίπλοκο, με την προσθήκη νέων οργάνων όπως το ήπαρ και το πάγκρεας. Αλλά η αρχή της δομής του παρέμεινε η ίδια από τα ψάρια στους ανθρώπους. Η πεπτική χημεία και τα ένζυμα είναι επίσης πολύ παρόμοια μεταξύ των ζώων σε διαφορετικά επίπεδα οργάνωσης.
Έτσι, στη διαδικασία της εξέλιξης, το πεπτικό σύστημα σταδιακά έγινε πιο περίπλοκο από τα πιο απλά στα ανώτερα ζώα, αποκτώντας αυξανόμενη διαφοροποίηση των οργάνων και την αποτελεσματικότητα των διαδικασιών πέψης και αφομοίωσης της τροφής.