Protozoer, såsom amöbor, har inget matsmältningssystem eftersom deras kropp består av en enda cell. Näringsämnen absorberas över hela ytan av cellen. Amöban fångar upp matpartiklar och bildar matvakuoler runt dem. Det är i dessa vakuoler som maten smälts med hjälp av enzymer.
Hydra har inte heller differentierade matsmältningsorgan. Dess kropp består av två lager av celler - ektoderm och endoderm. Digestion utförs av endodermceller. Mat kommer in genom munnen in i den inre håligheten, där den smälts.
Planaria har ett primitivt matsmältningssystem som består av en mun, svalg och en grenad mage. Det finns dock inget anus. Matsmältningen sker både inne i cellerna och i maghålan.
Daggmasken har redan ett komplett matsmältningssystem med mun och anus. Det inkluderar svalget, matstrupen, magen och tarmarna. Matsmältningen är huvudsakligen extracellulär.
Hos ryggradsdjur blev matsmältningssystemet betydligt mer komplext, med tillskott av nya organ som levern och bukspottkörteln. Men principen för dess struktur förblev densamma från fisk till människor. Matsmältningskemi och enzymer är också väldigt lika mellan djur på olika organisationsnivåer.
Sålunda, i evolutionsprocessen, blev matsmältningssystemet gradvis mer komplext från de enklaste till de högre djuren, och fick ökande differentiering av organ och effektiviteten i processerna för matsmältning och assimilering av mat.