Protozoer, som amøber, har ikke et fordøyelsessystem fordi kroppen deres består av en enkelt celle. Næringsstoffer absorberes over hele overflaten av cellen. Amøben fanger opp matpartikler og danner matvakuoler rundt dem. Det er i disse vakuolene at maten fordøyes ved hjelp av enzymer.
Hydra har heller ikke differensierte fordøyelsesorganer. Kroppen består av to lag med celler - ektoderm og endoderm. Fordøyelsen utføres av endodermceller. Mat kommer inn gjennom munnen inn i det indre hulrommet, hvor det fordøyes.
Planaria har et primitivt fordøyelsessystem som består av en munn, svelg og en forgrenet mage. Det er imidlertid ingen anus. Fordøyelsen skjer både inne i cellene og i magehulen.
Meitemarken har allerede et komplett fordøyelsessystem med munn og anus. Det inkluderer svelget, spiserøret, magen og tarmene. Fordøyelsen er hovedsakelig ekstracellulær.
Hos virveldyr ble fordøyelsessystemet betydelig mer komplekst, med tillegg av nye organer som lever og bukspyttkjertel. Men prinsippet om strukturen forble det samme fra fisk til mennesker. Fordøyelseskjemi og enzymer er også veldig like mellom dyr på forskjellige organisasjonsnivåer.
Således, i evolusjonsprosessen, ble fordøyelsessystemet gradvis mer komplekst fra de enkleste til de høyere dyrene, og fikk økende differensiering av organer og effektiviteten til prosessene med fordøyelse og assimilering av mat.