Nukleotidkodon valfritt

Nukleotidkodoner

Nukleotiden i ett kodon är basen som upptar en specifik plats i kodonet och är en del av överförings-RNA:t. Kodonnukleotiderna är adenin (A), guanin (G), cytosin (C), tymin (T) och uracil (U).

Enligt Watson-Cricks princip om baskomplementaritet, när två strängar av DNA eller RNA är kopplade till varandra, är basparen A - T, G - C och Y - A sammankopplade.

Kodon

Kodon är sekvenser av nukleotider lokaliserade på överförings-RNA som motsvarar en specifik aminosyrarest i en proteinmolekyl. Varje kodon består av tre nukleotider. Typiskt betecknas kodon med trebokstavsförkortningar.

Viktiga egenskaper hos kodoner är deras förmåga att koda för en aminosyra och deras användningsfrekvens i proteinmolekyler. Kodon som kodar för samma aminosyra kallas synonyma.

Valfria och obligatoriska kodoner

Det finns två typer av kodon: obligatoriska och valfria. Erforderliga kodon kodar alltid för samma aminosyra. Till exempel, i insulinproteinet kommer UAU-kodonet alltid att koda för aminosyran fenylalanin.

Det finns dock även valfria kodoner. Ett valfritt kodon är ett kodon som kan koda för en eller flera olika aminosyror, beroende på vilket kodon som finns bredvid i kedjan.

Till exempel kodar AUG-kodonet för aminosyran metionin, men kan även koda för andra aminosyror som valin och isoleucin. CUG-kodonet kan koda för tre aminosyror: glutamin, arginin och prolin.

Det finns också kodon som kan koda för endast en aminosyra.

Valfria nukleotidkodon är nukleotidbaser som vanligtvis finns i proteinkodon och utför funktionen av vätebindningar för korrekt sammansättning av aminosyror till proteinets primära struktur. Vissa nukleotider kan dock ersättas av andra utan att kodonets förmåga att koda för en specifik aminosyra påverkas.

Det är känt att varje triplett kodar för en specifik aminosyra och ordningen på dessa tripletter bestämmer den unika sekvensen av aminosyror som motsvarar ett specifikt protein. Nukleotidbasen som är belägen på kodonets första eller sista plats spelar emellertid sällan en signifikant roll i bildningen av peptidbindningen och kan ersättas av vilken annan nukleotidbas som helst utan att ändra proteinets aminosyrasekvens. Sådana nukleotider anses ofta vara obetydliga eller valfria vid utövandet av proteinanalys. En valfri nukleotidrest är en nukleotid som är en del av ett kodon och vanligtvis tjänar som bas för en vätebindning i det kodonet. . Fakultativ betyder att denna rest kan ersättas av en icke-fakultativ (obligatorisk) rest utan att det syntetiserade proteinets förmåga att bestå av aminosyror förändras. Denna skillnad kallas ibland för det valfria restkravet.

Till exempel i DNA innehåller nukleotidsekvensen TaATacyl fem valfria rester: den fjärde (cytosin, betecknad med bokstaven A i kodningstabellen