Нуклеотиден кодон по избор

Нуклеотидни кодони

Нуклеотидът на кодона е основата, която заема определено място в кодона и е част от трансферната РНК. Нуклеотидите на кодона са аденин (A), гуанин (G), цитозин (C), тимин (T) и урацил (U).

Съгласно принципа на Watson-Crick за базова комплементарност, когато две вериги на ДНК или РНК са свързани една с друга, базовите двойки A - T, G - C и Y - A са свързани.

Кодони

Кодоните са последователности от нуклеотиди, разположени върху трансферна РНК, които съответстват на специфичен аминокиселинен остатък в протеинова молекула. Всеки кодон се състои от три нуклеотида. Обикновено кодоните се обозначават с трибуквени съкращения.

Важни характеристики на кодоните са тяхната способност да кодират аминокиселина и тяхната честота на използване в протеинови молекули. Кодоните, кодиращи една и съща аминокиселина, се наричат ​​синонимни.

Незадължителни и задължителни кодони

Има два вида кодони: задължителни и незадължителни. Необходимите кодони винаги кодират една и съща аминокиселина. Например, в инсулиновия протеин UAU кодонът винаги ще кодира аминокиселината фенилаланин.

Има обаче и незадължителни кодони. Незадължителният кодон е кодон, който може да кодира една или повече различни аминокиселини, в зависимост от това кой кодон е до него във веригата.

Например кодонът AUG кодира аминокиселината метионин, но може да кодира и други аминокиселини като валин и изолевцин. CUG кодонът може да кодира три аминокиселини: глутамин, аргинин и пролин.

Има и кодони, които могат да кодират само една аминокиселина.

Незадължителните нуклеотидни кодони са нуклеотидни бази, които обикновено се намират в протеинови кодони и изпълняват функцията на водородни връзки за правилното сглобяване на аминокиселини в първичната структура на протеина. Някои нуклеотиди обаче могат да бъдат заменени с други, без да се засяга способността на кодона да кодира конкретна аминокиселина.

Известно е, че всеки триплет кодира специфична аминокиселина и редът на тези триплети определя уникалната последователност от аминокиселини, съответстваща на специфичен протеин. Въпреки това, нуклеотидната база, разположена на първото или последното място на кодона, рядко играе значителна роля при образуването на пептидната връзка и може да бъде заменена с всяка друга нуклеотидна база, без да се променя аминокиселинната последователност на протеина. Такива нуклеотиди често се считат за незначителни или незадължителни в практиката на протеинов анализ. Незадължителен нуклеотиден остатък е нуклеотид, който е част от кодон и обикновено служи като основа за водородна връзка в този кодон. . Факултативен означава, че този остатък може да бъде заменен с нефакултативен (задължителен) остатък, без да се променя способността на синтезирания протеин да се състои от аминокиселини. Тази разлика понякога се нарича незадължително изискване за остатък.

Например в ДНК нуклеотидната последователност TaATacyl съдържа пет незадължителни остатъка: четвъртият (цитозин, обозначен с буквата А в кодиращата таблица