Nukleotidkodon valgfri

Nukleotidkodoner

Nukleotidet af et kodon er den base, der indtager et specifikt sted i kodonet og er en del af transfer-RNA'et. Kodonnukleotiderne er adenin (A), guanin (G), cytosin (C), thymin (T) og uracil (U).

Ifølge Watson-Crick princippet om basekomplementaritet, når to strenge af DNA eller RNA er forbundet med hinanden, er baseparrene A - T, G - C og Y - A forbundet.

Kodoner

Kodoner er sekvenser af nukleotider placeret på transfer-RNA, der svarer til en specifik aminosyrerest i et proteinmolekyle. Hvert kodon består af tre nukleotider. Typisk er kodoner betegnet med trebogstavsforkortelser.

Vigtige egenskaber ved kodoner er deres evne til at kode for en aminosyre og deres anvendelseshyppighed i proteinmolekyler. Kodoner, der koder for den samme aminosyre, kaldes synonyme.

Valgfrie og obligatoriske kodoner

Der er to typer kodoner: obligatoriske og valgfrie. Nødvendige kodoner koder altid for den samme aminosyre. For eksempel vil UAU-kodonet i insulinproteinet altid kode for aminosyren phenylalanin.

Der er dog også valgfri kodoner. Et valgfrit kodon er et kodon, der kan kode for en eller flere forskellige aminosyrer, afhængigt af hvilket kodon der er ved siden af ​​i kæden.

For eksempel koder AUG-kodonet for aminosyren methionin, men kan også kode for andre aminosyrer såsom valin og isoleucin. CUG-kodonet kan kode for tre aminosyrer: glutamin, arginin og prolin.

Der er også kodoner, der kun kan kode for én aminosyre.

Valgfri nukleotidkodoner er nukleotidbaser, der normalt findes i proteinkodoner og udfører funktionen af ​​hydrogenbindinger til den korrekte samling af aminosyrer i proteinets primære struktur. Nogle nukleotider kan dog erstattes af andre uden at påvirke kodonets evne til at kode for en specifik aminosyre.

Det er kendt, at hver triplet koder for en specifik aminosyre, og rækkefølgen af ​​disse tripletter bestemmer den unikke sekvens af aminosyrer, der svarer til et specifikt protein. Nukleotidbasen placeret på det første eller sidste sted af codonet spiller imidlertid sjældent en signifikant rolle i dannelsen af ​​peptidbindingen og kan erstattes af enhver anden nukleotidbase uden at ændre proteinets aminosyresekvens. Sådanne nukleotider betragtes ofte som ubetydelige eller valgfrie ved udøvelse af proteinanalyse. En valgfri nukleotidrest er et nukleotid, der er en del af et kodon og normalt tjener som grundlag for en hydrogenbinding i det kodon. . Fakultativ betyder, at denne rest kan erstattes af en ikke-fakultativ (obligatorisk) rest uden at ændre det syntetiserede proteins evne til at bestå af aminosyrer. Denne forskel omtales nogle gange som det valgfrie restkrav.

For eksempel i DNA indeholder nukleotidsekvensen TaATacyl fem valgfri rester: den fjerde (cytosin, betegnet med bogstavet A i kodningstabellen