核苷酸密码子
密码子的核苷酸是在密码子中占据特定位置的碱基,是转移RNA的一部分。密码子核苷酸是腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)。
根据沃森-克里克碱基互补原理,当两条DNA或RNA链相互连接时,碱基对A-T、G-C和Y-A相连。
密码子
密码子是位于转移 RNA 上的核苷酸序列,对应于蛋白质分子中的特定氨基酸残基。每个密码子由三个核苷酸组成。通常,密码子由三字母缩写指定。
密码子的重要特征是它们编码氨基酸的能力及其在蛋白质分子中的使用频率。编码相同氨基酸的密码子称为同义密码子。
可选密码子和强制密码子
密码子有两种类型:强制密码子和可选密码子。所需的密码子总是编码相同的氨基酸。例如,在胰岛素蛋白中,UAU 密码子始终编码氨基酸苯丙氨酸。
然而,也有可选的密码子。任选的密码子是可以编码一个或多个不同氨基酸的密码子,这取决于链中紧邻其的密码子。
例如,AUG密码子编码氨基酸甲硫氨酸,但也可以编码其他氨基酸,例如缬氨酸和异亮氨酸。 CUG密码子可以编码三种氨基酸:谷氨酰胺、精氨酸和脯氨酸。
还有一些密码子只能编码一种氨基酸。
任选的核苷酸密码子是通常在蛋白质密码子中发现的核苷酸碱基,并发挥氢键的功能,以将氨基酸正确组装成蛋白质的一级结构。然而,一些核苷酸可以被其他核苷酸取代,而不会影响密码子编码特定氨基酸的能力。
众所周知,每个三联体编码一个特定的氨基酸,这些三联体的顺序决定了与特定蛋白质相对应的氨基酸的独特序列。然而,位于密码子第一个或最后一个位置的核苷酸碱基很少在肽键的形成中发挥重要作用,并且可以被任何其他核苷酸碱基取代而不改变蛋白质的氨基酸序列。在蛋白质分析实践中,此类核苷酸通常被认为是无关紧要的或可选的。任选的核苷酸残基是作为密码子的一部分并且通常充当该密码子中氢键的基础的核苷酸。 。兼性是指该残基可以被非兼性(强制性)残基取代,而不改变合成蛋白质由氨基酸组成的能力。这种差异有时被称为可选余数要求。
例如,在 DNA 中,核苷酸序列 TaATacyl 包含五个可选残基:第四个(胞嘧啶,在编码表中用字母 A 表示)