Saprobní organismus je soubor bakterií, které žijí v saprofytické vrstvě půdy, na povrchu sladkovodních a slaných vodních útvarů a také v bahně. Saprofytické mikroorganismy zajišťují rozklad organické hmoty a čištění životního prostředí, což je důležité pro udržení zdravé půdy a ekosystémů.
Jednou z nejdůležitějších funkcí saprobonového organismu je jeho účast na rozkladu odumřelých rostlinných a živočišných zbytků. Bakterie žijící v saprobní vrstvě půdy a v bahně sladkovodních útvarů jsou schopny rozkládat složité organické látky na jednoduché, které jsou přístupné jiným organismům. Při rozkladu organické hmoty se uvolňují plyny (hlavně metan), které jsou důležitým zdrojem energie pro mnoho dalších organismů, včetně samotných bakterií.
Saprobenový organismus má navíc schopnost tvořit toxiny a proteiny, které mohou využívat i jiné organismy pro své životní funkce. Toxiny jako alkaloidy, fenoly, alifatické a sírové kyseliny lze nalézt v půdě a kalech. Koncentrace těchto toxinů je však obvykle nízká a nepředstavuje pro rostliny a živočichy vážné nebezpečí.