Οι λοιμώξεις από ορθομυξοϊό είναι μια ομάδα ασθενειών με αρκετά ευρύ φάσμα δράσης, από εξαιρετικά μεταδοτικές έως χαμηλής παθογόνου δράσης. Οι αιτιολογικοί παράγοντες αυτών των λοιμώξεων ταξινομούνται συνήθως ως ιοί RNA με διάμετρο 70 - 400 nm. Ταυτόχρονα, το μέγεθος και η διάταξη των δομικών λεπτομερειών αυτών των ιών είναι αρκετά διαφορετικά ώστε οι ειδικοί που εργάζονται μαζί τους να καταλάβουν ότι πρόκειται για μια ομάδα παθογόνων παραγόντων του ίδιου τύπου.
Οι αιτιολογικοί παράγοντες των λοιμώξεων από ορθομυξοϊό συνήθως πολλαπλασιάζονται σε κύτταρα των πρώιμων σταδίων ανάπτυξης. Οι προβοκάτορες της πρώτης, ταχέως αναπτυσσόμενης οξείας μορφής της νόσου ξεπερνούν τους κυτταρικούς φραγμούς και συσσωρεύονται στο κυτταρόπλασμα. Οι προϋποθέσεις για τη μετάβαση από το αρχικό στάδιο της νόσου είναι η εισαγωγή του ιού σε εντεροκύτταρα, επιθηλιακά κύτταρα της αναπνευστικής οδού και ηπατοκύτταρα. Οι ιοί είναι σε θέση να πολλαπλασιάζονται ενεργά για κάποιο χρονικό διάστημα, μετά από το οποίο διεισδύουν σε πιο απομακρυσμένες περιοχές των οργάνων και η προκύπτουσα ασθένεια εξελίσσεται. Εν τω μεταξύ, η μόλυνση μπορεί να περάσει από τον έναν ξενιστή στον άλλο. Δεδομένου ότι οι ιοί περιέχουν αντιγόνα πανομοιότυπα με τις πρωτεΐνες του ανθρώπου ή των θηλαστικών, αναγνωρίζονται γρήγορα και προκαλούνται ανοσολογικές αντιδράσεις. Μετά την ταχεία εμφάνιση της νόσου, οι ανοσολογικές αποκρίσεις εξασθενούν καθώς μειώνεται η συγκέντρωση του ιού στην κυκλοφορία του αίματος. Παρά τη μερική απεπτία των ιικών αντιγόνων λόγω της μείωσης της ανοσολογικής απόκρισης και της σταθερότητας των ιντερφερονών, η πλήρης απαλλαγή του σώματος από την ιική εισβολή είναι δυνατή μόνο όταν επιτευχθεί η φάση ανάρρωσης. Το τέλος της νόσου συμβαίνει συνήθως με φόντο την ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος για την ολοκλήρωση των εντοπισμένων εκδηλώσεων της νόσου.