Mikroskopisk anatomi av fordøyelseskanalen
Alle deler av fordøyelsessystemet, fra spiserøret til endetarmen, har en lignende histologisk struktur og består av de samme tre lagene: den indre slimhinnen (eller ganske enkelt "slimhinnen"), det midtre muskellaget og det ytre bindevevslaget. Den indre slimhinnen, som strekker seg inn i lumen i fordøyelseskanalen, består av epitelceller (vanligvis søyleformede); noen av dem skiller ut et viskøst slim som fungerer som smøremiddel. Slimhinnen i mage og tarm danner mange folder, noe som øker sekresjons- og absorpsjonsoverflaten.
Kjertlene i fordøyelseskanalen utvikles fra lommer i slimhinnen. Muskellaget består av glatt muskulatur; Bare i den øvre tredjedelen av spiserøret dannes den av tverrstripete muskler. Det meste av fordøyelseskanalen har to lag med muskler: det indre, med et sirkulært arrangement av fibre, og det ytre, hvis fibre løper i lengderetningen.
Alternativ eller felles sammentrekning av disse lagene gjør at fordøyelsesorganene kan utføre en rekke bevegelser for å blande mat og skyve den fremover. Det ytterste laget av veggen i fordøyelseskanalen består av sterke fleksible bindevevsfibre og er dekket med en glatt membran - bukhinnen. Peritoneum skiller ut en væske som smører overflaten av magesekk og tarm og reduserer friksjonen mellom deler av fordøyelseskanalen mot hverandre og mot bukhulens vegger.
Spiserøret, som ligger blant musklene i nakken og brystet, har ikke et dekke som ligner på bukhinnen. Veggene i fordøyelseskanalen er rikelig forsynt med nerver som koordinerer arbeidet til de forskjellige delene, og med blod og lymfekar for å levere mat og oksygen til cellene, fjerne metabolske produkter og transportere absorberte næringsstoffer til steder de lagres.