Каждый организм должен был разрешить задачу удаления ненужных продуктов обмена. У простейших, например у амеб и у туфельки, эти продукты просто диффундируют через клеточную оболочку в окружающую среду, где концентрация их более низка. У пресноводных простейших существует особая проблема — освобождение от излишней воды, так как их протоплазма, будучи гипертоничной по отношению к прудовой воде, стремится непрерывно поглощать ее.
Это неизбежно привело бы к набуханию и разрыву клетки, если бы такие простейшие не обладали сократительной вакуолью — небольшим пузырьком, лежащим в протоплазме, который «откачивает» воду из клетки с такой же быстротой, с какой вода поступает в нее. У гидры и других кишечнополостных происходит прямое выделение продуктов обмена через клеточную оболочку. У более крупных животных выделения продуктов обмена путем диффузии недостаточно для предотвращения накопления ядовитых веществ; возникает необходимость в различных специальных выделительных приспособлениях.
У плоских червей имеются специализированные пламенные клетки - одиночные клетки, которые поглощают жидкость из окружающих их пространств и выделяют ее в экскреторные (выделительные) канальцы. Канальцы, идущие от нескольких «пламенных клеток», сливаются между собой и в конце концов открываются наружу через выделительную пору. Биение ресничек «пламенных клеток» напоминает колебание пламени свечи, отсюда и их название.
У дождевых червей в каждом сегменте тела имеется по паре специализированных органов, так называемых нефридиев, несущих выделительную функцию. Нефридий в отличие от «пламенных клеток» плоских червей представляет собой каналец, открытый с обоих концов; внутренний конец его открывается в целом воронкой, снабженной ресничками. Каждый каналец окружен капиллярами, что позволяет удалять продукты обмена из крови.
Когда жидкость, движимая биением ресничек в воронке, проходит через нефридий, вода и такие вещества, как глюкоза, всасываются обратно, продукты же обмена концентрируются и выводятся из организма. Выделительная система насекомых состоит из органов, называемых мальпигиевыми трубочками, которые лежат в полости тела и открываются в пищеварительный тракт. Продукты обмена диффундируют из полости тела в эти трубочки и выделяются в пищеварительный тракт, из которого они выходят наружу вместе с непереваренной пищей.
У всех позвоночных мочевыделительная система в основных чертах одинакова. У низших позвоночных почечные канальцы открываются не в боуменовы капсулы, а в полость тела, и, таким образом, их выделительные органы являются промежуточными между нефридиями дождевого червя и почками высших позвоночных.
У позвоночных животных, обитающих в море или у моря, выработались специальные приспособления для удаления соли. Костные рыбы, например, пьют соленую воду, а затем выделяют соль через жабры. Морские черепахи и чайки могут выделять соль, полученную с выпитой морской водой, при помощи специализированных солевых желез, расположенных в голове. Протоки этих желез открываются в носовые полости или выходят на поверхность головы.
Эволюция мочевыделительной системы усложняется тем, что у многих животных некоторые части этой системы тесно связаны с системой органов размножения, так что ряд органов участвует в обеих функциях. Эта связь настолько тесна, что обе системы часто рассматривают совместно под названием мочеполовой системы.