Varje organism var tvungen att lösa problemet med att ta bort onödiga metaboliska produkter. I protozoer, såsom amöbor och tofflor, diffunderar dessa produkter helt enkelt genom cellmembranet in i miljön, där deras koncentration är lägre. Sötvattensprotozoer har ett speciellt problem - att bli av med överflödigt vatten, eftersom deras protoplasma, som är hyperton i förhållande till dammvatten, tenderar att kontinuerligt absorbera det.
Detta skulle oundvikligen leda till svullnad och bristning av cellen om sådana protozoer inte hade en kontraktil vakuol - en liten bubbla som ligger i protoplasman, som "pumpar" vatten ut ur cellen så snabbt som vatten kommer in i den. I Hydra och andra coelenterater sker direkt frisättning av metaboliska produkter genom cellmembranet. Hos större djur räcker inte frisättningen av metaboliska produkter genom diffusion för att förhindra ansamling av giftiga ämnen; det finns behov av olika speciella utsöndringsanordningar.
Plattmaskar har specialiserade flamceller - enstaka celler som absorberar vätska från utrymmena runt dem och utsöndrar det i utsöndringsrören (utsöndringar). Tubulierna som kommer från flera "flammceller" smälter samman med varandra och öppnar sig så småningom ut genom utsöndringsporten. Slån av flimmerhåren på "flammcellerna" liknar vibrationen från en ljuslåga, därav deras namn.
Hos daggmaskar finns i varje kroppssegment ett par specialiserade organ, de så kallade nefridierna, som har en utsöndringsfunktion. Nephridium är, till skillnad från "flamcellerna" hos plattmaskar, en tubuli som är öppen i båda ändar; dess inre ände mynnar i sin helhet i en tratt utrustad med flimmerhår. Varje tubuli är omgiven av kapillärer, vilket gör att avfallsprodukter kan avlägsnas från blodet.
När vätskan, driven av flimmerhårens slag i tratten, passerar genom nefridium, absorberas vatten och ämnen som glukos tillbaka, och avfallsprodukterna koncentreras och utsöndras från kroppen. Insekternas utsöndringssystem består av organ som kallas malpighiska tubuli, som ligger i kroppshålan och mynnar ut i matsmältningskanalen. Metaboliska produkter diffunderar från kroppshålan in i dessa rör och släpps ut i matsmältningskanalen, varifrån de kommer ut tillsammans med osmält mat.
Hos alla ryggradsdjur är urinsystemet i princip detsamma. Hos lägre ryggradsdjur öppnar sig njurtubulierna inte in i Bowmans kapslar, utan in i kroppshålan, och därför är deras utsöndringsorgan mellanliggande mellan daggmaskens nefridier och njurarna hos högre ryggradsdjur.
Ryggradsdjur som lever i eller nära havet har utvecklat speciella anpassningar för att ta bort salt. Benfiskar dricker till exempel saltvatten och utsöndrar sedan salt genom sina gälar. Havssköldpaddor och måsar kan utsöndra salt från dricksvatten med hjälp av specialiserade saltkörtlar i deras huvuden. Kanalerna i dessa körtlar öppnar sig i näshålorna eller går ut till ytan av huvudet.
Utvecklingen av urinsystemet kompliceras av det faktum att vissa delar av detta system hos många djur är nära besläktade med reproduktionssystemet, så att ett antal organ är involverade i båda funktionerna. Detta samband är så nära att båda systemen ofta betraktas tillsammans under namnet genitourinary system.