Cada organismo tuvo que resolver el problema de eliminar productos metabólicos innecesarios. En los protozoos, como las amebas y las zapatillas, estos productos simplemente se difunden a través de la membrana celular hacia el medio ambiente, donde su concentración es menor. Los protozoos de agua dulce tienen un problema especial: deshacerse del exceso de agua, ya que su protoplasma, al ser hipertónico en relación con el agua del estanque, tiende a absorberla continuamente.
Esto conduciría inevitablemente a la hinchazón y ruptura de la célula si dichos protozoos no tuvieran una vacuola contráctil, una pequeña burbuja que se encuentra en el protoplasma y que "bombea" agua fuera de la célula tan rápido como el agua ingresa. En Hydra y otros celentéreos, la liberación directa de productos metabólicos se produce a través de la membrana celular. En animales de mayor tamaño, la liberación de productos metabólicos por difusión no es suficiente para evitar la acumulación de sustancias tóxicas; existe la necesidad de varios dispositivos excretores especiales.
Los gusanos planos tienen células de llama especializadas, células individuales que absorben líquido de los espacios que los rodean y lo secretan en los túbulos excretores (excretores). Los túbulos que provienen de varias "células de llama" se fusionan entre sí y eventualmente se abren a través del poro excretor. El batir de los cilios de las “células de llama” se asemeja a la vibración de la llama de una vela, de ahí su nombre.
En las lombrices de tierra, en cada segmento del cuerpo hay un par de órganos especializados, los llamados nefridios, que tienen una función excretora. Nephridium, a diferencia de las "células de llama" de los platelmintos, es un túbulo abierto en ambos extremos; su extremo interior se abre en su conjunto formando un embudo dotado de cilios. Cada túbulo está rodeado de capilares, lo que permite la eliminación de productos de desecho de la sangre.
Cuando el líquido, impulsado por el batir de los cilios en el embudo, pasa a través del nefridio, el agua y sustancias como la glucosa se absorben nuevamente, y los productos de desecho se concentran y se excretan del cuerpo. El sistema excretor de los insectos consta de órganos llamados túbulos de Malpighi, que se encuentran en la cavidad corporal y desembocan en el tracto digestivo. Los productos metabólicos se difunden desde la cavidad corporal hacia estos tubos y se liberan al tracto digestivo, del que salen junto con los alimentos no digeridos.
En todos los vertebrados, el sistema urinario es básicamente el mismo. En los vertebrados inferiores, los túbulos renales no desembocan en las cápsulas de Bowman, sino en la cavidad corporal y, por tanto, sus órganos excretores son intermedios entre los nefridios de la lombriz de tierra y los riñones de los vertebrados superiores.
Los vertebrados que viven en el mar o cerca de él han desarrollado adaptaciones especiales para eliminar la sal. Los peces óseos, por ejemplo, beben agua salada y luego secretan sal a través de sus branquias. Las tortugas marinas y las gaviotas pueden secretar sal al beber agua de mar utilizando glándulas de sal especializadas ubicadas en sus cabezas. Los conductos de estas glándulas desembocan en las cavidades nasales o salen a la superficie de la cabeza.
La evolución del sistema urinario se complica por el hecho de que en muchos animales algunas partes de este sistema están estrechamente relacionadas con el sistema reproductivo, de modo que varios órganos participan en ambas funciones. Esta conexión es tan estrecha que a menudo ambos sistemas se consideran juntos bajo el nombre de sistema genitourinario.