Reakcja alergiczna to proces immunopatologiczny, którego celem jest własne „ja” organizmu, a nie obiekt, który jest dla niego obojętny. Oznacza to, że układ odpornościowy zaczyna atakować nieszkodliwe cząsteczki i z biegiem czasu organizm staje się na nie tak wrażliwy, że gdy dostaną się do organizmu, wyzwala się reakcja zapalna.
Wiele osób ma alergie. Większość dorosłych nie ma alergii, ponieważ objawy pojawiają się u nich w dzieciństwie, a następnie znikają. Jednak u niektórych osób objawy alergii nasilają się, powodując podrażnienie lub reakcję nadpobudliwą w przypadku kontaktu z alergenem.
Objawy przewodu żołądkowo-jelitowego i chorób alergicznych mogą być podobne, ale mechanizm rozwoju i manifestacja reakcji są znacząco różne. Źródłem reakcji alergicznej są drobnoustroje i enzymy. Białka odrzucające trawienie – np. proteazy, jako czynnik odpowiedzi prozapalnej na doustny polipeptyd alergenowy lub histaminę. Jest to substancja chemotaktyczna, która powoduje szybkie zniszczenie układu odpornościowego na poziomie komórkowym.