Az allergiás reakció egy immunpatológiai folyamat, amely a szervezet saját „énjére” irányul, nem pedig egy számára semleges tárgyra. Vagyis az immunrendszer elkezdi támadni az ártalmatlan molekulákat, és idővel a szervezet annyira érzékennyé válik rájuk, hogy amikor bejutnak a szervezetbe, gyulladásos reakció indul el.
Sok embernek van allergiája. A legtöbb felnőttnek nincs allergiája, ennek az az oka, hogy a tünetek már gyermekkorukban megjelennek, majd eltűnnek. Néhány embernél azonban az allergiás tünetek súlyosbodnak, és irritációt vagy hiperaktív reakciót okoznak, amikor allergénnel találkoznak.
A gyomor-bél traktus és az allergiás betegségek tünetei hasonlóak lehetnek, de a reakciók kialakulásának és megnyilvánulásának mechanizmusa jelentősen eltér. Az allergiás reakció forrása a mikrobák és az enzimek. Emésztési kilökődési fehérjék – például proteázok, mint az orális allergén polipeptidre vagy hisztaminra adott gyulladást elősegítő válasz tényezője. Ez az a kemotaktikus anyag, amely sejtszinten az immunrendszer gyors pusztulását okozza.