Нефрит злоякісний підостий вражає часточки ниркової тканини у вигляді окремих мікронекрозів, які помітні при гістологічному дослідженні. Спочатку процесу переважає ексудація, яка потім змінюється проліферацію, що веде до заміщення некротичного ділянки тканини, що змінює архітектоніку і підвищує ступінь функціональної недостатності нирки. Процес захоплює всю нирку і веде до її зморщування. Зернисті циліарні маси ексудату спочатку заповнюють канальці епітелію, а потім витісняються циліндрами. Фіброзні тяжі стихають, метанефроми зникають, водночас підвищується кількість колоїдів у канальцях та інтерстиції. У крові зростає кількість білків, з'являються гіпоглобулінемія, макроцитопоез, гіперліпідемія, позитивні імунологічні проби. Бактерії у нирках відсутні або зустрічаються у невеликій кількості у перигломерулярній зоні. Клінічна картина початку захворювання схожа на інтерсті