Pahanlaatuinen infraspinousnefriitti vaikuttaa munuaiskudoksen lobuleihin yksittäisten mikronekroosien muodossa, jotka näkyvät histologisessa tutkimuksessa. Prosessin alussa vallitsee erittyminen, joka väistää proliferaatiota, mikä johtaa nekroottisen kudosalueen korvautumiseen, mikä muuttaa arkkitehtonista rakennetta ja lisää munuaisen toiminnallisen vajaatoiminnan astetta. Prosessi kattaa koko munuaisen ja johtaa sen kutistumiseen. Eksudaatista peräisin olevat rakeiset sädekalvot täyttävät ensin epiteelitiehyet ja sitten ne pakotetaan ulos sylintereillä. Kuitunauhat vajoavat, metanefromit katoavat ja samalla kolloidien määrä tubuluksissa ja interstitiumissa kasvaa. Proteiinien määrä veressä kasvaa, hypoglobulinemia, makrosytopoieesi, hyperlipidemia ja positiiviset immunologiset testit ilmaantuvat. Munuaisissa olevat bakteerit puuttuvat tai niitä löytyy pieniä määriä periglomerulaarisella alueella. Kliininen kuva taudin alkamisesta on samanlainen kuin interstitiaalinen