A nefrite infraespinhal maligna afeta os lóbulos do tecido renal na forma de micronecrose individual, que são visíveis durante o exame histológico. No início do processo predomina a exsudação, que depois dá lugar à proliferação, levando à substituição da área de tecido necrótico, o que altera a arquitetura e aumenta o grau de insuficiência funcional do rim. O processo envolve todo o rim e leva ao seu encolhimento. As massas ciliares granulares do exsudato primeiro preenchem os túbulos epiteliais e depois são expelidas por cilindros. Os cordões fibrosos diminuem, os metanefromas desaparecem e, ao mesmo tempo, a quantidade de colóides nos túbulos e no interstício aumenta. A quantidade de proteínas no sangue aumenta, aparecem hipoglobulinemia, macrocitopoiese, hiperlipidemia e testes imunológicos positivos. As bactérias nos rins estão ausentes ou são encontradas em pequeno número na zona periglomerular. O quadro clínico do início da doença é semelhante ao intersticial