Viêm thận dưới gai ác tính ảnh hưởng đến các tiểu thùy của mô thận dưới dạng hoại tử vi mô riêng lẻ, có thể nhìn thấy được khi kiểm tra mô học. Khi bắt đầu quá trình, dịch tiết chiếm ưu thế, sau đó nhường chỗ cho sự tăng sinh, dẫn đến việc thay thế vùng mô hoại tử, làm thay đổi cấu trúc và làm tăng mức độ suy giảm chức năng của thận. Quá trình này liên quan đến toàn bộ quả thận và dẫn đến sự co rút của nó. Các khối thể mi dạng hạt từ dịch tiết đầu tiên lấp đầy các ống biểu mô và sau đó được đẩy ra ngoài bằng các ống trụ. Các dây xơ giảm dần, metanephrom biến mất, đồng thời lượng chất keo trong ống thận và kẽ tăng lên. Lượng protein trong máu tăng lên, xuất hiện hạ đường huyết, tăng sinh đại cầu, tăng lipid máu và xuất hiện các xét nghiệm miễn dịch dương tính. Vi khuẩn trong thận không có hoặc được tìm thấy với số lượng nhỏ ở vùng quanh cầu thận. Hình ảnh lâm sàng khởi phát bệnh tương tự như bệnh kẽ