Det er ennå ikke mulig å gi en fullstendig fysiologisk forklaring på de psykologiske fenomenene tenkning, hukommelse og læring. Det antas at tenkning er basert på komplekse fysiologiske prosesser assosiert med forplantning av nerveimpulser langs visse nevrale baner i hjernen. Det er mulig at denne eller den tanken er assosiert med passasje av nerveimpulser langs en lukket nevrale krets.
Denne typen kretser kan omfatte fra et halvt dusin til flere hundre eller flere nevroner og kan aktiveres enten av sensoriske impulser eller impulser som oppstår spontant i hjernen. I følge denne teorien endres tanker når nerveimpulser beveger seg langs en annen "reverberating" krets dannet av en annen gruppe nevroner. Minner er tanker som oppstår en tid (målt i minutter, måneder eller år) etter den første forekomsten av disse tankene og ser ut til å være forårsaket av resirkulering av impulser i nevrale kretsløp.
Det har blitt antydet at kontinuerlig passasje av impulser over synapsene til en gitt krets fører til en reduksjon i motstand ved disse synapsene og øker kretsens evne til å lede nerveimpulser. Læringsprosessen kan innebære gjentatt bruk av en bestemt nevrale vei, som til slutt fører til en betydelig reduksjon i synaptisk motstand. De siste årene har det blitt antatt at hukommelse er assosiert med RNA-syntese og at hver husket hendelse er kodet i sentralnervesystemet av spesifikke nukleotidsekvenser i RNA.
Interessante korrelasjoner er etablert mellom RNA-omsetning og nevral aktivitet, men det fysiologiske og biokjemiske grunnlaget for hukommelse er fortsatt uklart. Noen eksperimenter, som de der dyr lærer å navigere i en labyrint for å skaffe mat eller unngå elektriske støt, har understreket rollen som prøving og feiling i læring. Hos høyere pattedyr - aper og mennesker - finner vi også fenomenet "forståelse", eller fremveksten av en "idé".
Etter noen tilfeldige forsøk, forstår forsøkspersonen essensen av løsningen på problemet og løser det deretter med konstant suksess. Stemninger og følelser. Fenomener som stemninger og følelser, samt personlighet generelt, avhenger også av aktiviteten til hjernebarken, men de underliggende nevrale mekanismene er ikke avklart.
Disse manifestasjonene, så vel som andre aktiviteter i de høyere hjernesentrene, er sterkt påvirket av kroppens fysiologiske tilstand; Psykens tilstand kan bli dramatisk påvirket av tilstanden til magen. Hormoner fra ulike endokrine kjertler påvirker også funksjonen til hjernen; for eksempel opplever mange kvinner perioder med mental depresjon rett før og under menstruasjon, og overgangsalderen (perioden når menstruasjonssyklusen stopper, vanligvis i 40-50-årsalderen) er svært ofte ledsaget av dype følelsesmessige og mentale forstyrrelser.