Kháng nguyên là một chất lạ, thường là protein hoặc phức hợp polysaccharide-protein, khi đưa vào cơ thể sẽ tạo ra các kháng thể đặc hiệu. Kháng nguyên có thể có nguồn gốc ngoại sinh (ví dụ, độc tố vi khuẩn) hoặc nội sinh (ví dụ, kháng nguyên mô). Sự tương tác giữa kháng nguyên và kháng thể là cơ sở của phản ứng miễn dịch. Hệ thống miễn dịch nhận biết một kháng nguyên sẽ khởi động một loạt các phản ứng nhằm vô hiệu hóa nó và loại bỏ nó khỏi cơ thể. Hiểu được bản chất, tính chất của kháng nguyên là vô cùng quan trọng để nghiên cứu cơ chế miễn dịch và phát triển vắc xin.