Antigeeni on vieras aine, yleensä proteiini tai polysakkaridi-proteiinikompleksi, joka kehoon joutuessaan aiheuttaa spesifisten vasta-aineiden muodostumisen. Antigeenit voivat olla eksogeenistä alkuperää (esim. bakteeritoksiinit) tai endogeenisiä (esim. kudosantigeenit). Antigeenin vuorovaikutus vasta-aineen kanssa on immuunivasteen perusta. Kun immuunijärjestelmä tunnistaa antigeenin, se käynnistää reaktiosarjan, jonka tarkoituksena on neutraloida se ja poistaa se kehosta. Antigeenien luonteen ja ominaisuuksien ymmärtäminen on erittäin tärkeää immuniteetin mekanismien tutkimisessa ja rokotteiden kehittämisessä.