Vi sinh vật được gọi là "kỵ khí" là một nhóm vi sinh vật đặc biệt không thể thực hiện hầu hết các quá trình sinh hóa nếu không có oxy. Chúng sống trong đất không có đủ oxy để nuôi các sinh vật hiếu khí. Những sinh vật này còn được gọi là vi khuẩn kỵ khí hoặc methanogens.
Vi khuẩn kỵ khí sử dụng oxy khi có sẵn, nhưng khi không có oxy, chúng sẽ chuyển sang các nguồn năng lượng khác. Một nguồn như vậy là glucose, được chuyển đổi thành ethanol, sau đó thành carbon dioxide và nước. Vi khuẩn kỵ khí cũng sử dụng các chất hữu cơ khác như carbohydrate và lipid.
Khí metan thường có thể được tạo ra bởi vi khuẩn kỵ khí trong điều kiện thiếu khí. Khí mê-tan này có mùi khó chịu rõ rệt và được tìm thấy ở nhiều lớp trên Trái đất, từ lớp bề mặt đến lớp sâu hơn. Sự hiện diện của khí metan với số lượng lớn làm giảm hàm lượng oxy trong khí quyển