Mikro-organismit, joita kutsutaan "anaerobiksi", ovat erityinen mikro-organismien ryhmä, jotka eivät voi suorittaa useimpia biokemiallisia prosesseja ilman happea. Ne elävät maaperässä, jossa ei ole tarpeeksi happea aerobisten organismien ruokkimiseen. Nämä organismit tunnetaan myös anaerobisina bakteereina tai metanogeeneina.
Anaerobiset bakteerit käyttävät happea, kun sitä on saatavilla, mutta kun happea ei ole saatavilla, ne kääntyvät muihin energialähteisiin. Yksi tällainen lähde on glukoosi, joka muuttuu etanoliksi ja sitten hiilidioksidiksi ja vedeksi. Anaerobiset bakteerit käyttävät myös muita orgaanisia aineita, kuten hiilihydraatteja ja lipidejä.
Anaerobiset bakteerit voivat usein tuottaa metaania hapettomissa olosuhteissa. Tällä metaanilla on selvästi epämiellyttävä haju, ja sitä löytyy monista maan kerroksista pintakerroksista syvemmille kerroksille. Metaanin suuri määrä alentaa ilmakehän happipitoisuutta