Mikroorganismer kaldet "anaerobe" er en særlig gruppe af mikroorganismer, som ikke kan udføre de fleste biokemiske processer uden ilt. De lever i jord, hvor der ikke er nok ilt til at brødføde aerobe organismer. Disse organismer er også kendt som anaerobe bakterier eller methanogener.
Anaerobe bakterier bruger ilt, når det er tilgængeligt, men når ilt ikke er tilgængeligt, vender de sig til andre energikilder. En sådan kilde er glucose, som omdannes til ethanol og derefter til kuldioxid og vand. Anaerobe bakterier bruger også andre organiske stoffer som kulhydrater og lipider.
Metan kan ofte produceres af anaerobe bakterier under anoxiske forhold. Denne metan har en tydeligt ubehagelig lugt og findes i mange lag af Jorden, fra overfladelagene til de dybere lag. Tilstedeværelsen af metan i store mængder reducerer iltindholdet i atmosfæren