Bei den sogenannten „anaeroben“ Mikroorganismen handelt es sich um eine spezielle Gruppe von Mikroorganismen, die ohne Sauerstoff die meisten biochemischen Prozesse nicht durchführen können. Sie leben in Böden, in denen es nicht genügend Sauerstoff gibt, um aerobe Organismen zu ernähren. Diese Organismen werden auch als anaerobe Bakterien oder Methanogene bezeichnet.
Anaerobe Bakterien nutzen Sauerstoff, wenn dieser verfügbar ist. Wenn jedoch kein Sauerstoff verfügbar ist, greifen sie auf andere Energiequellen zurück. Eine solche Quelle ist Glukose, die in Ethanol und dann in Kohlendioxid und Wasser umgewandelt wird. Anaerobe Bakterien nutzen auch andere organische Stoffe wie Kohlenhydrate und Lipide.
Methan kann unter anoxischen Bedingungen häufig von anaeroben Bakterien produziert werden. Dieses Methan hat einen deutlich unangenehmen Geruch und kommt in vielen Schichten der Erde vor, von den Oberflächenschichten bis zu den tieferen Schichten. Das Vorkommen von Methan in großen Mengen verringert den Sauerstoffgehalt in der Atmosphäre