Micro-organismen die "anaëroob" worden genoemd, zijn een speciale groep micro-organismen die zonder zuurstof de meeste biochemische processen niet kunnen uitvoeren. Ze leven in de bodem waar niet genoeg zuurstof is om aërobe organismen te voeden. Deze organismen worden ook wel anaërobe bacteriën of methanogenen genoemd.
Anaerobe bacteriën gebruiken zuurstof als die beschikbaar is, maar als er geen zuurstof beschikbaar is, wenden ze zich tot andere energiebronnen. Eén zo'n bron is glucose, dat wordt omgezet in ethanol en vervolgens in kooldioxide en water. Anaërobe bacteriën gebruiken ook andere organische stoffen zoals koolhydraten en lipiden.
Methaan kan vaak worden geproduceerd door anaërobe bacteriën in anoxische omstandigheden. Dit methaan heeft een uitgesproken onaangename geur en wordt in veel lagen van de aarde aangetroffen, van de oppervlaktelagen tot de diepere lagen. De aanwezigheid van methaan in grote hoeveelheden vermindert het zuurstofgehalte in de atmosfeer