Mikroorganismer kalt "anaerobe" er en spesiell gruppe mikroorganismer som ikke kan gjennomføre de fleste biokjemiske prosesser uten oksygen. De lever i jord der det ikke er nok oksygen til å mate aerobe organismer. Disse organismene er også kjent som anaerobe bakterier eller metanogener.
Anaerobe bakterier bruker oksygen når det er tilgjengelig, men når oksygen ikke er tilgjengelig, vender de seg til andre energikilder. En slik kilde er glukose, som omdannes til etanol og deretter til karbondioksid og vann. Anaerobe bakterier bruker også andre organiske stoffer som karbohydrater og lipider.
Metan kan ofte produseres av anaerobe bakterier under anoksiske forhold. Denne metanen har en utpreget ubehagelig lukt og finnes i mange lag av jorden, fra overflatelagene til de dypere lagene. Tilstedeværelsen av metan i store mengder reduserer oksygeninnholdet i atmosfæren