Mikroorganizmy zwane „beztlenowymi” to szczególna grupa mikroorganizmów, które bez tlenu nie są w stanie przeprowadzić większości procesów biochemicznych. Żyją w glebie, w której nie ma wystarczającej ilości tlenu, aby wyżywić organizmy tlenowe. Organizmy te są również znane jako bakterie beztlenowe lub metanogeny.
Bakterie beztlenowe wykorzystują tlen, gdy jest on dostępny, ale gdy tlen nie jest dostępny, zwracają się do innych źródeł energii. Jednym z takich źródeł jest glukoza, która przekształca się w etanol, a następnie w dwutlenek węgla i wodę. Bakterie beztlenowe wykorzystują także inne substancje organiczne, takie jak węglowodany i lipidy.
Metan może być często wytwarzany przez bakterie beztlenowe w warunkach beztlenowych. Metan ten ma wyraźnie nieprzyjemny zapach i występuje w wielu warstwach Ziemi, od warstw powierzchniowych po głębsze. Obecność metanu w dużych ilościach powoduje zmniejszenie zawartości tlenu w atmosferze