Mikroorganismy zvané „anaerobní“ jsou zvláštní skupinou mikroorganismů, které nemohou provádět většinu biochemických procesů bez kyslíku. Žijí v půdě, kde není dostatek kyslíku pro výživu aerobních organismů. Tyto organismy jsou také známé jako anaerobní bakterie nebo methanogeny.
Anaerobní bakterie využívají kyslík, když je k dispozici, ale když kyslík není k dispozici, obracejí se na jiné zdroje energie. Jedním takovým zdrojem je glukóza, která se přeměňuje na ethanol a poté na oxid uhličitý a vodu. Anaerobní bakterie využívají i jiné organické látky, jako jsou sacharidy a lipidy.
Metan mohou často produkovat anaerobní bakterie v anoxických podmínkách. Tento metan má výrazně nepříjemný zápach a nachází se v mnoha vrstvách Země, od povrchových vrstev až po vrstvy hlubší. Přítomnost metanu ve velkém množství snižuje obsah kyslíku v atmosféře